台北抚台街的台湾巡抚衙门。
在布政使任上干了三年多的唐景崧在他的老师张之洞的极力保荐下，终于坐到了台湾巡抚的宝座上，不过此时必里却是忧虑多于喜悦。
自甲午战争开始，老奸巨猾的前任巡抚邵友濂预料点火将会蔓延到台海，便开始在北京跑关系，并上朝廷称病请辞，想方设法离开了这个是非之地，而把这一摊子事扔给了唐景崧。
唐景崧并不是怕事的人，相反，他对于刚开始的战争还是蛮有些期待，想当初若不是他在广西冒险行事，策动着中法战争，也不会有今日的官场风光。
战争，向来是搏取功名的最好时机，老唐连法兰西老虎身上的胡须都动过，还能怕了这东洋的倭寇不成？
可是，辽东前线传来的消息让他越来越感到不安，老唐也算是经过阵仗的人，直觉告诉他这次可能真走了眼，黄海一役，曾是大清国的骄傲，李鸿章一手重金打造的北洋水师几乎全军尽墨，而朝鲜战场上，号称大清国最精锐的淮军则是望风而逃，一溃千里，战事愈发显得不可收拾。
从日军掌握了制海权后，就开始派出军舰，觊觎台湾，唐景崧也预感到了局势的危险，一面向朝廷和自己的老师湖广总督张之洞求援，一面派出自已的亲信吴国华广东招募兵勇。
现在唐大人正眉头紧皱，在署衙内不住地长吁短叹，感慨世事不公，好容易自已熬到了巡抚的位置，正是仕途通畅，春风得意之时，不料，却是时日维艰，又跳出一群倭寇与自己为难。
唐大人也想学着那前任邵大人一般索性称病请辞，可又舍不得刚到手的荣华，他又没有人家邵大人那样的靠山。思来想去，弄得自己心里烦燥不堪，索性端起几上的凉茶，一口气猛灌了几口下去，碍怎样就怎样，他发狠地想道。
正在他胡思乱想之时，赖鹤年拿着一份名贴进来：“抚台，前工部主事丘逢甲求见。”
唐景崧一楞，这个丘逢甲他是认识的，此人出身彰化旺族丘氏家族，光绪十五年进士，朝廷曾授工部主事一职，这料他却无意在京做官，辞官后曾助前巡抚刘铭传修建台湾铁路，与他也相处过一阵时日。后来丘台中衡文院出任山长，在台民众中影响巨大，虽然他没做几天官，但岛内居民大多以“丘工部”称之。
现在这种情形，他来台北求见，肯定是有什么要事。“快快有请！”唐景崧说道，见赖鹤年出去，他犹豫了一下，还是决定穿着便服与这位“丘工部”相见，以显示自己的拢络之意。
丘逢甲跟着赖鹤年进到内堂，见到唐景崧后深施一礼：“晚生末学丘逢甲见过抚台大人！”
唐景崧见此连忙伸手相扶：“吉甫老兄如此岂不折杀老夫，你我兄弟何必如此多礼。”客套了一番两人就坐，做为唐景崧的心腹，赖鹤年也在一旁相随。
丘逢甲性情直率，很快便说明来意：“天下正值多事之秋，虽然日本正与淮军在辽东作战，但倭寇野心勃勃，早已垂诞台湾久矣，如今兵船窥视台海，不知大人有何打算？”
唐景崧倒也不加隐瞒，将自己的担心和已作的准备对丘逢甲和盘托出，在邵友濂还在任时已经奏请朝廷调遣福建水师提督杨岐珍并三营人马赴台北，统领基隆各军，以老将南澳镇总兵刘永福率所部入台负责台南防务，同时调总兵廖得胜、副将佘致廷率部赴台，负责台北守备。
但唐景崧也面露难色，由于饷械不足，台湾的兵力还十分薄弱。
丘逢甲听此自告奋勇，主动请缨，愿出面召集乡民组织团练，以备守战，并说不要唐景崧一文钱的粮饷。
唐景崧大为高兴，随即任命丘逢甲为台湾团练总领，由其筹集饷械，召集义民进行军事训练。
丘逢甲得到抚衙颁发的文告，乡四处召集义民暂且不提，但说中日甲午战争的形势是日日恶化。日军在辽东进展顺利的同时，转而在山东半岛登陆。北洋水师在刘公岛内避不出战，任由日军在半岛从容登陆。
日军登陆后从侧背攻入防卫严密的威海卫，北洋水师全军覆灭，水师兵船一小半自沉，大半由日人虏走，反而平白增添了日军的力量。
满清朝廷面对战场失利已经吓破了胆，慈禧出面重掌朝政，当时旅顺失守，慈禧太后害怕日军进犯京津，便不顾光绪皇帝等人的反对，先指使奕䜣委托田贝秘密向日本疏通，后于1895年1月14日正式派户部侍郎张荫恒、湖南巡抚邵友濂为全权大臣，并请美国国务卿科士达为调解人，赴日求和。当时日军正在猛攻威海卫，由于军事上的胜利，它的侵略胃口非常大，气焰极为嚣张，它觉得使清政府无条件投降的机会还未到来，因此借口“全权不足”，将清政府的这两位求和代表侮辱一番，驱逐国。
日本虽然在战场上连战连捷，但毕竟财力有限，战争带来的巨大消耗进一步加重了日本民众的负担，自1894年底以来，日本不少地方都爆发了农民暴动，社会动荡不安。所以日本首相伊藤博文于2月2日向清政府提出了和谈的要求。但日方公开指定要李鸿章充当全权代表，并向清政府提出，必须以割地、赔款为“议和”条件，否则就无需派代表前往日本。这时慈禧等人十分害怕战争继续下去，为了求得停战，决心不惜任何代价达成和议。于是1895年3月，赶忙按照日本的旨意，改派李鸿章为头等全权大臣，带着美国前任国务卿科士达为顾问，前往日本与日本首相伊藤博文、外务大臣陆奥光宗进行谈判。3月20日双方在春帆楼会见，正式开启了和谈。
在和谈的同时，日军出动军队和军舰，攻占了台湾门户澎湖。4月17日，李鸿章代表清政府与日本签订丧权辱国的马关条约，条约中规定割让辽东半岛和台湾、澎湖给日本，并赔偿日本政府军费白银二万万两。
马关条约签定的当天晚上，清政府签约割台的消息就通过台北的外国洋行很快传遍全岛。台湾巡抚唐景崧立即发电清廷询问实情。第二天，群众齐聚台湾省巡抚衙门，台湾士绅、工部主事丘逢甲代表台湾民众起草了反对割台的电文：“和议割台，全台震骇。自闻警以来，台民慨输饷械，不顾身家，无负朝廷。列圣深仁厚泽二百余年以养人心士气，正为我皇上今日之用，何忍一旦弃之？全台非澎湖之比，何至不能一战?臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。设战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上亦可以上对祖宗，下对百姓。如倭酋来收台湾，台民惟有开仗!”
4月19日，朝廷复电台湾巡抚唐景崧，正式告诉他割台一事，并给他解释了割台的苦衷：“台湾虽重，比之京师则台为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。台湾弧悬海外，终久不能据守。不可因一时义愤，遂忘以前所陈种种患害于不顾也”
21日，台北商民鸣锣罢市，拥入巡抚衙门，哭声震天。唐景崧电奏光绪皇上，请求保住台湾。他在电报中说：“祖宗缔造之艰，史册俱在，传至二百余年，失自皇上之手，天下后世，谓皇上为何君?他日更何以见祖宗于地下？臣为祖宗守土，惟有与台为存亡，不敢奉皇上之诏。”
为了保全台湾，一些官绅希望依靠欧美列强向日本施加压力，清廷先后向英、法、德提出将台湾归他们保护，但列强不愿与开罪日本，都拒绝了。特别是德国政府斥责清廷是在鼓动台湾民变，破坏协定，向清廷提出警告，如果中日再开战，不仅台湾不能保，而且割地赔款会更多。李鸿章也认为，日本方面态度强硬，如果收台湾将导致重开战端，危及京畿和辽沈。已经被战争吓破胆的清廷反复权衡，最终决心放弃台湾。5月20日，下令“署台湾巡抚布政使唐景崧，著即开缺来京陛见；其台省大小文武官员，并著饬令陆续内渡。”而李鸿章也专门向伊藤博文拍了电报，称“日本自应派遣水陆各军，以资弹压，保持平安。”
清政府已经决定放弃台湾，但台湾的官绅百姓却不甘心就此成为日本人的顺民，但今后该何去何从，上到名为最高军政长官的唐景崧，下至普通百姓，其实每个人的心里都没有什么底，也不知该如何处置。
唐景崧现在也是进退两难，布政使顾肇熙和台湾兵备道陈文騄已经借机逃大陆，二、三把手的出逃更弄得岛内人心惶惶，大批官员也开始纷纷出逃。但他走不了，朝廷让他守在台湾办理交接，但这可能么？
而两江总督张之洞却给他拍了封电报，让他尽力守住台湾两、三个月，哪怕手中有一府一城之地，就能引起列强出兵干涉，最终日本人不得不放弃台湾。而且法国人也表示愿意租借台湾之地，又让他心底燃起一丝希望。
经过一番商议，陈季同向唐景崧提出拯救台湾的新计划：仿照西方惯例，宣布台湾自主，成立一个临时抗日政权，由义军和和守台清军联合作战，领导台湾军民抗日保台。这样就能够名正言顺地进行抵抗，又免得将清政府牵扯进来，同时还可以争取到列强的支持。
在台湾一些留台官员和台湾绅商的支持下，5月25日，台湾民z主国正式成立。台湾绅商林维源、林朝栋、丘逢甲等人共推唐景崧为民z国总统，以台湾巡抚署为总统府改国号为“水清”，寓永远隶于清朝之意。
这一天，台北绅民数千人，在丘逢甲等人的带领下，在唐景崧的衙门前，举行台湾民z国总统就职典礼。唐景崧从内衙走出，先向北京行九叩大礼，然后转身南向，接受丘逢甲和台北民众的两跪六叩大礼，并接过了丘逢甲献上的国玺和总统大印。这时，炮台上升起了台湾民z国国旗，井鸣礼炮11响，在台的外**舰和船只也升旗鸣炮表示祝贺。
随后唐景崧宣布台湾民z国的内阁任命台北时期政府组织：
大总统：唐景崧，军务大臣：李秉瑞，内务大臣：俞明震，外务大臣：陈季同，义军总兵：李惟义，团练指挥使：丘逢甲，游说使：姚文栋，议长：林维源，台中镇守使：林朝栋，台南镇守使：刘永福。
台湾总统唐景崧当天向清廷电告此事，并称自己不情愿当这个总统的，是被台民强留下来的，等台湾事稍定，如果能够脱身，一定赴京请罪。
由台湾人自发组织的抵抗战争就此开始。
1895年5月10日，即烟台换约后的第二天，日本政府为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即日赴台。”
5月13日上午，日本政府从东京致电美国驻北京公使田贝并转给清政府，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“日本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。日本政府即希中国政府立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理?且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18日朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。钦此。”李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连性命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电北京说：“李经方自马关随同津后，因忧劳成疾，南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收成命，另行简派。”
然而，李鸿章非但代奏无效，还吃到一番训斥。光绪帝下谕旨说道：“李鸿章身膺重任，当将此事妥筹结局，岂得置身事外?现倭使将次到台，仍著李经方迅速前往，毋得畏难退避。倘因迁延贻误，唯李经方是问!李鸿章也不能辞其咎!钦此。”
李鸿章读毕这个上谕，深知严旨不可违抗，便一面上奏朝廷，要求命科士达同往襄助;一面打电报给在上海的儿子说：“赴台交割之事万难辞退，俟各员到齐后刻日前往。”这两份电报发出后，想到如李经方如果登上台湾岛，非得给人活活打死不可，李鸿章为其子的安全计，想出一个在澎湖交割的办法。当天又给伊藤博文发了一份电报，全文如下：“台湾主权已经交给日本，日本自应派遣水陆各军以资弹压，保守平安。李经方拟即前往澎湖，与日本特派大员会晤。”
伊藤博文收到李鸿章的电报，读后知道中国大员是害怕去台湾有危险，便想出一个办法，让中国大员先来长崎，然后乘日本船一同到台湾。5月22日，伊藤的复电到天津，其中说：“如中国特派大员先来长崎，带同日本国家船只前往，以资护卫，更为稳妥。”
李鸿章认为这个办法虽能确保安全，但会招致议论，本来自己被看做倭党，如果这样做，更要被骂为卖国贼了。他想来想去，最后想出一个办法在台湾海口会晤。23日李鸿章的办法得到朝廷的批准。
5月30日，李经方偕道员马建忠，顾问科士达，外文翻译伍光建，日文翻译卢永铭、陶大均，文官张柳、黄正，武官吕文经、高轩春等，还有警卫40名，登上德国商船“公义”号，从上海启航。6月1日凌晨“公义”号驶抵淡水海面，由日舰“千代田”号护送至基隆以东海面的三貂澳附近，在日本大员乘坐的“横滨丸”右舷抛锚。是日下午4时30分，李经方派陶大均前往“横滨丸”，告知中国特派大员到达，并商定会商时间。
6月2日上午，李经方带领日文翻译卢永铭、陶大均坐小船登上“横滨丸”。桦山资纪等人亲自在甲板上迎接，然后引其进入专门准备好的舱室内。
待双方落座，桦山资纪便开口说道：“我这次奉命来台，以为和约批准，交接十分容易，不料到淡水后派小兵轮进口，清兵开炮阻挡。因而转道基隆，又遭清兵炮击，不得已暂泊三貂澳。不得已只能采用武力，现在我国陆军1万多人已经开始登陆，数日内即可攻取基隆。”
李经方说道：“我奉命来此与阁下办理台湾交接事宜，究竟如何处置，还先听听贵方的要求。”
桦山资纪看了一眼李经方：“那等我军攻克基隆，大家再一起去台北办理交接事宜。”
李经方怎么也不肯亲自登岸，于是双方讨价半天，他在“横滨丸”上匆匆与桦山资纪办理了交割手续，当夜就乘“公义”号客船返，宝岛台湾就这样被满清政府轻率地舍弃掉了。
5月29日，日本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，日军在澳底顺利登陆。
随即日军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。
经过日军海陆军数日围攻，6月3日，防卫严密的基隆要塞随即失陷，日军转而向台北北部的狮球岭进攻。
林朝栋闻听台北告急，立即率栋军五营前往增援。
6月4日，清军溃兵逃入台北，唐景崧等人逃往淡水，清军溃兵将藩库抢劫一空，随后在街头任意劫掠，并纵火烧毁藩库和总统府衙。
6日，唐景崧等人乘外轮逃往厦门，9日，丘逢甲下令解散台勇，匆忙内渡广东，刚刚成立的台湾民主国主要官员一逃而空。
台北数日内即告失守，形势急转直下。
林朝栋带兵行至新竹，即接到台北失守的消息，感到大势已去，不禁仰天长叹：“吾尽力守台，朝廷未必容我，若拼死奋勇杀敌，倭人必视我族人如仇寇，何必如此！”遂给属下支付了所带饷银，后连夜带着一营亲兵乘船返厦门。
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在布政使任上干了三年多的唐景崧在他的老师张之洞的极力保荐下，终于坐到了台湾巡抚的宝座上，不过此时必里却是忧虑多于喜悦。
自甲午战争开始，老奸巨猾的前任巡抚邵友濂预料点火将会蔓延到台海，便开始在北京跑关系，并上朝廷称病请辞，想方设法离开了这个是非之地，而把这一摊子事扔给了唐景崧。
唐景崧并不是怕事的人，相反，他对于刚开始的战争还是蛮有些期待，想当初若不是他在广西冒险行事，策动着中法战争，也不会有今日的官场风光。
战争，向来是搏取功名的最好时机，老唐连法兰西老虎身上的胡须都动过，还能怕了这东洋的倭寇不成？
可是，辽东前线传来的消息让他越来越感到不安，老唐也算是经过阵仗的人，直觉告诉他这次可能真走了眼，黄海一役，曾是大清国的骄傲，李鸿章一手重金打造的北洋水师几乎全军尽墨，而朝鲜战场上，号称大清国最精锐的淮军则是望风而逃，一溃千里，战事愈发显得不可收拾。
从日军掌握了制海权后，就开始派出军舰，觊觎台湾，唐景崧也预感到了局势的危险，一面向朝廷和自己的老师湖广总督张之洞求援，一面派出自已的亲信吴国华广东招募兵勇。
现在唐大人正眉头紧皱，在署衙内不住地长吁短叹，感慨世事不公，好容易自已熬到了巡抚的位置，正是仕途通畅，春风得意之时，不料，却是时日维艰，又跳出一群倭寇与自己为难。
唐大人也想学着那前任邵大人一般索性称病请辞，可又舍不得刚到手的荣华，他又没有人家邵大人那样的靠山。思来想去，弄得自己心里烦燥不堪，索性端起几上的凉茶，一口气猛灌了几口下去，碍怎样就怎样，他发狠地想道。
正在他胡思乱想之时，赖鹤年拿着一份名贴进来：“抚台，前工部主事丘逢甲求见。”
唐景崧一楞，这个丘逢甲他是认识的，此人出身彰化旺族丘氏家族，光绪十五年进士，朝廷曾授工部主事一职，这料他却无意在京做官，辞官后曾助前巡抚刘铭传修建台湾铁路，与他也相处过一阵时日。后来丘台中衡文院出任山长，在台民众中影响巨大，虽然他没做几天官，但岛内居民大多以“丘工部”称之。
现在这种情形，他来台北求见，肯定是有什么要事。“快快有请！”唐景崧说道，见赖鹤年出去，他犹豫了一下，还是决定穿着便服与这位“丘工部”相见，以显示自己的拢络之意。
丘逢甲跟着赖鹤年进到内堂，见到唐景崧后深施一礼：“晚生末学丘逢甲见过抚台大人！”
唐景崧见此连忙伸手相扶：“吉甫老兄如此岂不折杀老夫，你我兄弟何必如此多礼。”客套了一番两人就坐，做为唐景崧的心腹，赖鹤年也在一旁相随。
丘逢甲性情直率，很快便说明来意：“天下正值多事之秋，虽然日本正与淮军在辽东作战，但倭寇野心勃勃，早已垂诞台湾久矣，如今兵船窥视台海，不知大人有何打算？”
唐景崧倒也不加隐瞒，将自己的担心和已作的准备对丘逢甲和盘托出，在邵友濂还在任时已经奏请朝廷调遣福建水师提督杨岐珍并三营人马赴台北，统领基隆各军，以老将南澳镇总兵刘永福率所部入台负责台南防务，同时调总兵廖得胜、副将佘致廷率部赴台，负责台北守备。
但唐景崧也面露难色，由于饷械不足，台湾的兵力还十分薄弱。
丘逢甲听此自告奋勇，主动请缨，愿出面召集乡民组织团练，以备守战，并说不要唐景崧一文钱的粮饷。
唐景崧大为高兴，随即任命丘逢甲为台湾团练总领，由其筹集饷械，召集义民进行军事训练。
丘逢甲得到抚衙颁发的文告，乡四处召集义民暂且不提，但说中日甲午战争的形势是日日恶化。日军在辽东进展顺利的同时，转而在山东半岛登陆。北洋水师在刘公岛内避不出战，任由日军在半岛从容登陆。
日军登陆后从侧背攻入防卫严密的威海卫，北洋水师全军覆灭，水师兵船一小半自沉，大半由日人虏走，反而平白增添了日军的力量。
满清朝廷面对战场失利已经吓破了胆，慈禧出面重掌朝政，当时旅顺失守，慈禧太后害怕日军进犯京津，便不顾光绪皇帝等人的反对，先指使奕䜣委托田贝秘密向日本疏通，后于1895年1月14日正式派户部侍郎张荫恒、湖南巡抚邵友濂为全权大臣，并请美国国务卿科士达为调解人，赴日求和。当时日军正在猛攻威海卫，由于军事上的胜利，它的侵略胃口非常大，气焰极为嚣张，它觉得使清政府无条件投降的机会还未到来，因此借口“全权不足”，将清政府的这两位求和代表侮辱一番，驱逐国。
日本虽然在战场上连战连捷，但毕竟财力有限，战争带来的巨大消耗进一步加重了日本民众的负担，自1894年底以来，日本不少地方都爆发了农民暴动，社会动荡不安。所以日本首相伊藤博文于2月2日向清政府提出了和谈的要求。但日方公开指定要李鸿章充当全权代表，并向清政府提出，必须以割地、赔款为“议和”条件，否则就无需派代表前往日本。这时慈禧等人十分害怕战争继续下去，为了求得停战，决心不惜任何代价达成和议。于是1895年3月，赶忙按照日本的旨意，改派李鸿章为头等全权大臣，带着美国前任国务卿科士达为顾问，前往日本与日本首相伊藤博文、外务大臣陆奥光宗进行谈判。3月20日双方在春帆楼会见，正式开启了和谈。
在和谈的同时，日军出动军队和军舰，攻占了台湾门户澎湖。4月17日，李鸿章代表清政府与日本签订丧权辱国的马关条约，条约中规定割让辽东半岛和台湾、澎湖给日本，并赔偿日本政府军费白银二万万两。
马关条约签定的当天晚上，清政府签约割台的消息就通过台北的外国洋行很快传遍全岛。台湾巡抚唐景崧立即发电清廷询问实情。第二天，群众齐聚台湾省巡抚衙门，台湾士绅、工部主事丘逢甲代表台湾民众起草了反对割台的电文：“和议割台，全台震骇。自闻警以来，台民慨输饷械，不顾身家，无负朝廷。列圣深仁厚泽二百余年以养人心士气，正为我皇上今日之用，何忍一旦弃之？全台非澎湖之比，何至不能一战?臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。设战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上亦可以上对祖宗，下对百姓。如倭酋来收台湾，台民惟有开仗!”
4月19日，朝廷复电台湾巡抚唐景崧，正式告诉他割台一事，并给他解释了割台的苦衷：“台湾虽重，比之京师则台为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。台湾弧悬海外，终久不能据守。不可因一时义愤，遂忘以前所陈种种患害于不顾也”
21日，台北商民鸣锣罢市，拥入巡抚衙门，哭声震天。唐景崧电奏光绪皇上，请求保住台湾。他在电报中说：“祖宗缔造之艰，史册俱在，传至二百余年，失自皇上之手，天下后世，谓皇上为何君?他日更何以见祖宗于地下？臣为祖宗守土，惟有与台为存亡，不敢奉皇上之诏。”
为了保全台湾，一些官绅希望依靠欧美列强向日本施加压力，清廷先后向英、法、德提出将台湾归他们保护，但列强不愿与开罪日本，都拒绝了。特别是德国政府斥责清廷是在鼓动台湾民变，破坏协定，向清廷提出警告，如果中日再开战，不仅台湾不能保，而且割地赔款会更多。李鸿章也认为，日本方面态度强硬，如果收台湾将导致重开战端，危及京畿和辽沈。已经被战争吓破胆的清廷反复权衡，最终决心放弃台湾。5月20日，下令“署台湾巡抚布政使唐景崧，著即开缺来京陛见；其台省大小文武官员，并著饬令陆续内渡。”而李鸿章也专门向伊藤博文拍了电报，称“日本自应派遣水陆各军，以资弹压，保持平安。”
清政府已经决定放弃台湾，但台湾的官绅百姓却不甘心就此成为日本人的顺民，但今后该何去何从，上到名为最高军政长官的唐景崧，下至普通百姓，其实每个人的心里都没有什么底，也不知该如何处置。
唐景崧现在也是进退两难，布政使顾肇熙和台湾兵备道陈文騄已经借机逃大陆，二、三把手的出逃更弄得岛内人心惶惶，大批官员也开始纷纷出逃。但他走不了，朝廷让他守在台湾办理交接，但这可能么？
而两江总督张之洞却给他拍了封电报，让他尽力守住台湾两、三个月，哪怕手中有一府一城之地，就能引起列强出兵干涉，最终日本人不得不放弃台湾。而且法国人也表示愿意租借台湾之地，又让他心底燃起一丝希望。
经过一番商议，陈季同向唐景崧提出拯救台湾的新计划：仿照西方惯例，宣布台湾自主，成立一个临时抗日政权，由义军和和守台清军联合作战，领导台湾军民抗日保台。这样就能够名正言顺地进行抵抗，又免得将清政府牵扯进来，同时还可以争取到列强的支持。
在台湾一些留台官员和台湾绅商的支持下，5月25日，台湾民z主国正式成立。台湾绅商林维源、林朝栋、丘逢甲等人共推唐景崧为民z国总统，以台湾巡抚署为总统府改国号为“水清”，寓永远隶于清朝之意。
这一天，台北绅民数千人，在丘逢甲等人的带领下，在唐景崧的衙门前，举行台湾民z国总统就职典礼。唐景崧从内衙走出，先向北京行九叩大礼，然后转身南向，接受丘逢甲和台北民众的两跪六叩大礼，并接过了丘逢甲献上的国玺和总统大印。这时，炮台上升起了台湾民z国国旗，井鸣礼炮11响，在台的外**舰和船只也升旗鸣炮表示祝贺。
随后唐景崧宣布台湾民z国的内阁任命台北时期政府组织：
大总统：唐景崧，军务大臣：李秉瑞，内务大臣：俞明震，外务大臣：陈季同，义军总兵：李惟义，团练指挥使：丘逢甲，游说使：姚文栋，议长：林维源，台中镇守使：林朝栋，台南镇守使：刘永福。
台湾总统唐景崧当天向清廷电告此事，并称自己不情愿当这个总统的，是被台民强留下来的，等台湾事稍定，如果能够脱身，一定赴京请罪。
由台湾人自发组织的抵抗战争就此开始。
1895年5月10日，即烟台换约后的第二天，日本政府为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即日赴台。”
5月13日上午，日本政府从东京致电美国驻北京公使田贝并转给清政府，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“日本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。日本政府即希中国政府立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理?且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18日朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。钦此。”李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连性命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电北京说：“李经方自马关随同津后，因忧劳成疾，南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收成命，另行简派。”
然而，李鸿章非但代奏无效，还吃到一番训斥。光绪帝下谕旨说道：“李鸿章身膺重任，当将此事妥筹结局，岂得置身事外?现倭使将次到台，仍著李经方迅速前往，毋得畏难退避。倘因迁延贻误，唯李经方是问!李鸿章也不能辞其咎!钦此。”
李鸿章读毕这个上谕，深知严旨不可违抗，便一面上奏朝廷，要求命科士达同往襄助;一面打电报给在上海的儿子说：“赴台交割之事万难辞退，俟各员到齐后刻日前往。”这两份电报发出后，想到如李经方如果登上台湾岛，非得给人活活打死不可，李鸿章为其子的安全计，想出一个在澎湖交割的办法。当天又给伊藤博文发了一份电报，全文如下：“台湾主权已经交给日本，日本自应派遣水陆各军以资弹压，保守平安。李经方拟即前往澎湖，与日本特派大员会晤。”
伊藤博文收到李鸿章的电报，读后知道中国大员是害怕去台湾有危险，便想出一个办法，让中国大员先来长崎，然后乘日本船一同到台湾。5月22日，伊藤的复电到天津，其中说：“如中国特派大员先来长崎，带同日本国家船只前往，以资护卫，更为稳妥。”
李鸿章认为这个办法虽能确保安全，但会招致议论，本来自己被看做倭党，如果这样做，更要被骂为卖国贼了。他想来想去，最后想出一个办法在台湾海口会晤。23日李鸿章的办法得到朝廷的批准。
5月30日，李经方偕道员马建忠，顾问科士达，外文翻译伍光建，日文翻译卢永铭、陶大均，文官张柳、黄正，武官吕文经、高轩春等，还有警卫40名，登上德国商船“公义”号，从上海启航。6月1日凌晨“公义”号驶抵淡水海面，由日舰“千代田”号护送至基隆以东海面的三貂澳附近，在日本大员乘坐的“横滨丸”右舷抛锚。是日下午4时30分，李经方派陶大均前往“横滨丸”，告知中国特派大员到达，并商定会商时间。
6月2日上午，李经方带领日文翻译卢永铭、陶大均坐小船登上“横滨丸”。桦山资纪等人亲自在甲板上迎接，然后引其进入专门准备好的舱室内。
待双方落座，桦山资纪便开口说道：“我这次奉命来台，以为和约批准，交接十分容易，不料到淡水后派小兵轮进口，清兵开炮阻挡。因而转道基隆，又遭清兵炮击，不得已暂泊三貂澳。不得已只能采用武力，现在我国陆军1万多人已经开始登陆，数日内即可攻取基隆。”
李经方说道：“我奉命来此与阁下办理台湾交接事宜，究竟如何处置，还先听听贵方的要求。”
桦山资纪看了一眼李经方：“那等我军攻克基隆，大家再一起去台北办理交接事宜。”
李经方怎么也不肯亲自登岸，于是双方讨价半天，他在“横滨丸”上匆匆与桦山资纪办理了交割手续，当夜就乘“公义”号客船返，宝岛台湾就这样被满清政府轻率地舍弃掉了。
5月29日，日本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，日军在澳底顺利登陆。
随即日军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。
经过日军海陆军数日围攻，6月3日，防卫严密的基隆要塞随即失陷，日军转而向台北北部的狮球岭进攻。
林朝栋闻听台北告急，立即率栋军五营前往增援。
6月4日，清军溃兵逃入台北，唐景崧等人逃往淡水，清军溃兵将藩库抢劫一空，随后在街头任意劫掠，并纵火烧毁藩库和总统府衙。
6日，唐景崧等人乘外轮逃往厦门，9日，丘逢甲下令解散台勇，匆忙内渡广东，刚刚成立的台湾民主国主要官员一逃而空。
台北数日内即告失守，形势急转直下。
林朝栋带兵行至新竹，即接到台北失守的消息，感到大势已去，不禁仰天长叹：“吾尽力守台，朝廷未必容我，若拼死奋勇杀敌，倭人必视我族人如仇寇，何必如此！”遂给属下支付了所带饷银，后连夜带着一营亲兵乘船返厦门。
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